，当存在其他基因序列与需要编辑的目的基因相似时，就有可能被基因组编辑错误识别，产生意料之外的基因改变。也就是说，基因组编辑有可能会偏离目标，这被称作“脱靶”。在受精卵的阶段开展基因组编辑，如果偏离目标基因的变异没有被发现的话，就会波及婴儿全身细胞，产生难以预料的后果。如果真的发生这样的事情，就是重大的医疗事故了。另一种情况是，在接受基因组编辑之前受精卵便发生了细胞分裂，这样就可能产生没有被编辑的细胞。随着胚胎发育，胎儿全身就将部分由编辑过的细胞、部分由未编辑的细胞构成，这被称作“胚胎嵌合”。这或许不会造成更严重的后果，但基因组编辑治疗的目标却很有可能无法达成。此外，基因组编辑的效率也是一个问题，在最早的人类胚胎基因组编辑研究中，只有大约一半的胚胎中致病基因被剔除，极少数成功表达了加入的正确基因。