植物生长所需的养分是矿物质而不是有机质，腐殖质是在地球上有了植物以后才出现的，而不是植物出现以前，因此植物的原始养分只能是矿物质。根据现有的科学实验结果，任何有机肥料施入土壤中被植物吸收都要经历有机质的矿化过程。矿化过程就是指在微生物作用下，复杂的有机物质，如植物的根茎叶，被分解（腐解）为简单化合物，然后转化成二氧化碳、水、氨（氮）和其他养分（磷、硫、钾、钙、镁等离子或简单化合物），才能够被植物根系吸收。事实上，从有机肥生产过程为什么必须堆腐就可理解这个原理，有机肥堆腐过程就是利用微生物将作物根系不能吸收的根茎叶等有机物分解，变为可以随水分进入作物根系被吸收的矿质养分。如果不经过堆腐，作物有机残体直接放在土壤中，有机残体分解过程中会消耗土壤中的速效养分，与作物“争肥”，造成作物营养不良。因此，人们采取堆腐的方法，在施用于农田之前将有机质先行矿化分解。

        对于作物生长所需的大量元素如氮磷钾来说，无论是施用有机肥还是化学肥料，在本质上没有区别。只是有机肥的来源物质即有机质分解后产生的矿质养分比一般的化肥，如氮肥、磷肥、钾肥，提供的养分种类丰富，现在，为了一次性给作物提供多种养分，更主要是为了降低施肥的劳动成本，许多化肥厂家生产出了多种复合肥，即含有两种及两种以上养分的化肥。如农业生产中用量最大的磷酸二铵。现在也有些复合肥含有氮、磷、钾三种养分，有的复合功效专用肥甚至还加了一些微量元素，如硒、硼、锌等。事实上，作物需求最多的是氮磷钾这三种元素，其中，氮素是各种作物需求量最大的养分，尤其是蔬菜。其实，除了某些区域缺乏某种营养元素外，其他矿质养分，其在土壤中的含量（由岩石矿物风化而来和通过生物小循环聚集）基本能够满足作物生产需要，不需要单独施用。

        值得指出的是，施用有机肥和化肥生产出来的农产品都是有机的。现在很多人抱怨说，化肥生产出来的农产品“没有味道”，而有机肥生产出来的“有机产品”“风味足”，这也许是因为某些目前土壤肥料科学还没有证实的有机肥中的有机官能团或简单的有机小分子化合物进入瓜果蔬农产品所起到的作用。但更可能的是因为施用化肥生产，土壤中速效养分含量高，特别是氮素含量高，作物生长快，产品水分大，还没有“性成熟”就被采摘的缘故。

        无论是有机肥，还是化肥都能够提供作物生长所需要的养分。而且一般来说，化肥能够提供高浓度的速效养分，可以及时快速满足作物生长旺盛时期对养分的大量需求。但毫无疑问，没有化肥，仅靠有机肥，不能使14亿中国人吃饱、吃好，如果停止施用化肥，根据生物小循环定律和地质大循环定律，土壤肥力会不断下降，作物的高产稳产会无以为继，鼓励和推广有机肥的主要目的，并非为了生产“有机食品”，而是要把作物生产过程所产生的“有机废弃物”，包括秸秆和人畜排泄物，进行资源再利用，减少化肥的使用量，减少排放，还有利于环境保护。