现代农业的发展不能脱离生态安全和产品安全两个基本要求，因此，农业污染防治应作为现代农业发展的重要任务之一。不同于工业污染和城市污染，农业污染涉及面广而隐蔽性强，评估难度大，不适合建立惩罚型机制。同时，由于农民收入水平相对较低，不可能进行“污染收费”。所以，必须建立激励型经济补偿机制，从根本上提高农户防控污染的积极性。这种补偿机制实质上是对生态建设与保护所付出的成本（包括放弃发展机会的损失）进行补偿。

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