然而，随着经学日益变成章句之学和庸俗的谶纬，情况便大不一样了。光武、章帝就因不满经学的烦琐多次命人“省减五经章句”；曾使王莽、刘秀荣登皇帝宝座的谶纬，后来也变成了篡权、谋反的工具，这表明一切都走到了专制王权期望的反面。因此，到东汉中期以后，皇权对经学和儒生的依赖开始变小，加上外戚、官宦专权，大封党羽、排挤士人，进一步拆散了经学与官僚政治的联盟。

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